真菌生物反应器主要依靠真菌的作用去除臭气中的疏水性或水溶性差的物质。真菌通常具有菌丝，增大了菌体与周围环境接触的表面积。真菌具有坚硬的细胞壁，可在较干燥的环境中生长，水溶性差的物质能够直接与真菌接触并被降解。微生物的降解作用是以多种微生物(一般是细菌、真菌、酵母菌)降解不同化合物的能力为基础的。臭气中的污染物是多样而复杂的，散发臭味的物质可分为：含硫化合物(如硫化物、硫醇类)，含氮化合物(如氨、胺类)，低级脂肪酸(如乙酸)等。对于水溶性好的污染物，可利用繁殖快的细菌进行降解。对于难溶于水的污染物，可用真菌降解。细菌一真菌复合式反应器，将细菌与真菌复合，可以同时去除臭气中的不同类型物质，其对臭气中的乙酸、氨、苯乙烯、硫化氢、乙硫醇和乙硫醚的去除率分别达至96．17％、96．16％、92．11％、78％和83％，可用于控制污水处理厂、污泥处理厂、垃圾填埋场、粪便消纳站等工厂企业排放的臭气，解决臭味污染问题。